Il Collegio Clesio è diretto dal Delegato del Rettore che sovraintende ed è il principale referente accademico per tutte le questioni che riguardano il Collegio.

Sono organi di governo del Collegio:

Il Comitato Scientifico che ha il compito di promuovere lo sviluppo delle attività del Collegio coerentemente con il piano strategico dell’Ateneo e in collegamento con le strutture accademiche; formulare le linee di indirizzo per lo sviluppo del Collegio; definire il programma delle attività culturali e scientifiche promosse dal Collegio, anche partecipando ad iniziative promosse da altri soggetti di alta qualificazione.

Sono componenti del Comitato Scientifico:

• Jorge Jovicich (Presidente) – Centro Interdipartimentale Mente/Cervello - CIMEC
• Paolo Carta – Dipartimento Facoltà di Giurisprudenza
• Claudio Giunta – Dipartimento di Lettere e Filosofia
• Louisa Parks – Scuola di Studi Internazionali
• Roberto Sebastiani – Dipartimento di Ingegneria e Scienza dell'informazione
• Gaia Santolin – Rappresentante degli Allievi/e

 Il Consiglio Direttivo con funzioni di gestione, tra cui la stesura dei bandi annuali per l’accesso al Collegio; l'individuazione dei membri delle Commissioni di selezione; la verifica dei requisiti per il mantenimento del posto al Collegio; la definizione e l'applicazione dei provvedimenti disciplinari; le modifiche del Regolamento.

 Sono componenti del Consiglio Direttivo:

• Edoardo Ballico (Presidente) – Dipartimento di Matematica
• Andrea Comboni – Dipartimento di Lettere e Filosofia
• Luigi Fraccarollo – Dipartimento di Ingegneria Civile Ambientale Meccanica
• Anna Simonati – Dipartimento Facoltà di Giurisprudenza
• David Novel – Tutor area scientifica
• Umberto Dassi – Tutor area umanistico-sociale 
• Sofia Regini – Rappresentante degli Allievi/e
• Edoardo Virgili – Rappresentante degli Allievi/e