La Legge 232/2016 (legge di bilancio 2017) ha previsto nell'articolo 1, commi da 314 a 338, l’istituzione del “Fondo per il finanziamento dei dipartimenti universitari di eccellenza” con lo scopo d’individuare e finanziare, con cadenza quinquennale e nell'ambito delle 14 aree CUN, i migliori 180 Dipartimenti delle Università statali che si caratterizzano per l’eccellenza nella qualità della ricerca e nella progettualità scientifica, organizzativa e didattica. Il budget stanziato per l’iniziativa prevede una quota annuale di 271 milioni di euro.
In ogni tornata quinquennale del Fondo, l'Agenzia Nazionale di Valutazione del Sistema Universitario e della Ricerca (ANVUR) identifica una graduatoria preliminare dei 350 migliori dipartimenti delle università statali, selezionati in base al punteggio dell’Indicatore Standardizzato di Performance Dipartimentale (ISPD), che viene calcolato a partire dai risultati dell’ultima Valutazione della Qualità della Ricerca (VQR) disponibile.
I 350 dipartimenti così individuati, e nel limite massimo di 15 per ciascun Ateneo, possono concorrere al bando del Ministero dell'Università e della Ricerca (MUR) per i 180 Dipartimenti di Eccellenza, proponendo un progetto di sviluppo quinquennale del dipartimento, accompagnato da un piano finanziario per le attività di reclutamento, premialità, infrastrutture e attività didattiche di elevata qualificazione.
Tra i progetti di sviluppo così presentati, una specifica Commissione seleziona i 180 Dipartimenti di Eccellenza, che ricevono una dotazione finanziaria variabile in relazione al quintile dimensionale in cui sono collocati. Ai Dipartimenti delle aree CUN da 1 a 9 è inoltre assegnato un budget aggiuntivo di 250 mila euro annui vincolato alle infrastrutture di ricerca.